A decisão do STF determinou que os réus poderão cumprir apenas as penas relacionadas aos crimes em que não há mais possibilidade de questionamento. O ex-ministro chefe da Casa Civil José Dirceu, por exemplo, foi condenado pelos crimes de formação de quadrilha e corrupção ativa. O primeiro ele questiona por meio dos embargos infringentes, o segundo não. Dirceu, assim, começará a cumprir sua pena somente pelos 7 anos e 11 meses relacionados ao crime de corrupção ativa.
Os réus devem primeiramente ser abrigados em unidades da Polícia Federal (PF) e depois encaminhados para o Distrito Federal: no Centro de Prisão Provisória (CPP), em Brasília, ou na Penitenciária da Papuda. Somente após uma autorização de Barbosa é que eles serão alojados em unidades prisionais de seus respectivos Estados