O Conselho de Arquitetura e Urbanismo, Conselho Federal de Farmácia e Conselho Federal de Medicina Veterinária não estão aceitando registro de profissionais formados pelo Unipê. Os conselhos não têm concedido atribuições profissionais para os egressos desses cursos de graduação, na modalidade à distância.
A negativa é mais um ‘baque’ para a imagem do Unipê, que desgastou-se muito após demissões em massa de professores. O caso dos conselhos está sendo tratado pelas entidades representativas do Ensino Superior, como Associação Brasileira de Mantenedoras de Ensino Superior, Associação Nacional das universidades Particulares e Sindicato das Entidades Mantenedoras de Estabelecimentos de Ensino Superior no Estado de São Paulo.